勘察设计协会实行理事会领导下的主任负责制。勘察设计协会主任由承担单位主要负责人担任，负责勘察设计协会的运营管理。 全体成员代表大会 是勘察设计协会的最高权力机构，勘察设计协会成员代表由成员单位委派。其主要职责是：
（一）制定和修改章程；
（二）选举和罢免理事；
（三）审批理事会做出的发展规划、工作计划、年度工作报告等；
（四）决定勘察设计协会重大变更事宜；
（五）决定其他需经成员代表大会决定的重大事宜。
理事会 是勘察设计协会的常设机构，在勘察设计协会主任的领导下负责处理创新基地的日常工作，由承担单位组建。按照《国家技术标准勘察设计协会办公室工作细则》开展工作。